《五星红旗迎风飘扬2》承接“两弹一星”的故事，从1970年4月我国第一颗人造卫星上天写起，着力塑造毛泽东、周恩来、邓小平等老一辈革命家运筹帷幄，在复杂多变和严峻的国际环境中，审时度势，从容应对，始终立于主动地位。为了维护祖国的主权、领土完整和民族尊严，他们进行的坚定而有理有力的斗争，在严重困难面前，他们带领全国人民，迎难而上，以不屈的姿态和昂扬的精神面貌去战胜和克服困难，终于走出了一条中国特色的社会主义道路。
一九四九年十月一日，毛泽东在天安门城楼向全世界人民庄严宣告“中华人民共和国中央人民政府终于成立”。新生的中国百废待兴，为确立新中国在国际上的地位，毛泽东在十二月初访问了苏联，与斯大林会谈，并签订了《中苏友好同盟互助条约》。 潜伏在北京的国民党特务“万能潜伏台”计兆祥侦查得知毛泽东访苏的时间，报告给了台湾当局。蒋介石欲在途中将毛泽东暗杀。经过我公安机关的严密侦查，终于一举端掉“万能潜伏台”，并抓获了“万能潜伏台”台长计兆祥，蒋介石的阴谋再一次破产。
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