迈克尔进入小木屋打算拯救儿子麦克和妻子莎拉，不料屋内的女人是女杀手。正当女杀手用枪指着迈克尔的时候，在地下室的男杀手由于良心的责备，上楼阻止女杀手并说波塞冬现在的行为太奇怪了，我们应该将迈克尔交给警察，但是女杀手认为不可能摆脱波塞冬，所以开枪射死了男杀手。迈克尔趁机带着儿子逃走，躲进了厨房，然后尽力拉住门把手让儿子到屋外找林肯。儿子逃走之后，女杀手破门而入，幸好被绑在地下室的莎拉打破红酒瓶然后割开绳子，然后及时赶到一棒子打晕了女杀手。但是迈克尔和莎拉走出屋外的时候，发现儿子被波塞冬带走了，而且林肯也被债主用枪射伤了。
T-bag和维普把前中情局副局长的血交给了迈克尔，然后迈克尔和他们讨论计划，并想让T-bag杀死波塞冬。于是迈克尔按计划行事，故意打电话给波塞冬，让他知道自己的所在位置。波塞冬发现迈克尔的距离迈克尔以前一直出入的动物公园很近，于是波塞冬带着女杀手亲自出动，结果去到动物园却没见到迈克尔，这时波塞冬的分析师打电话告诉波塞冬说他们被骗了。迈克尔用调虎离山之计潜入了波塞冬的私人办公室，拿走了波塞冬的犯罪证据，然后打电话要波塞冬交出麦克。
波塞冬同意这次谈判并按迈克尔所说那样，到一个仓库见面。波塞冬没想到那个仓库早就被改造，是迈克尔让维普和T-bag去找迈克尔的老朋友一起改造的。但是意外的是波塞冬带了女杀手来并且报了警，所以维普情急之下想抢女杀手手上的枪，却被女杀手射伤，这时警察也正在潜入仓库，所以迈克尔趁机把波塞冬引开，T-bag留下为维普报仇扭断了女杀手的脖子，不过T-bag被警察逮捕，而维普也因失血过多而死亡了。
迈克尔引导着波塞冬重演了波塞冬射杀中情局副局长的情景，因为波塞冬手上枪是没有子弹的，所以迈克尔假装中枪倒地之后站起来嘲讽波塞冬并要他交出麦克。不过这时警察来到了把他们都逮捕了。
受伤的林肯偷偷的出院并帮忙莎拉寻找麦克，莎拉在波塞冬分析师的屋外看到了麦克，然后让麦克冷静，随后潜入拯救麦克，但是被分析师发现，幸好林肯及时赶到打晕了分析师。
被警察逮捕之后的波塞冬以为自己赢了，因为迈克尔的身份还是通缉犯，却不知道警方要指控波塞冬谋杀中情局副局长。波塞冬一脸茫然，因为他不知道迈克尔除了从波塞冬的工作室拿走犯罪证据，还在波塞冬的服务器铁架上涂上了副局长的血液。警察在帮迈克尔录口供时，赞叹迈克尔的智商并表示迈克尔帮警察做事，但是迈克尔拒绝了，然后让警察帮他安排T-bag和波塞冬住在同一间牢房，让T-bag折磨波塞冬来为维普报仇。
从此，迈克尔重获自由，终于可以过上普通人的生活了。
（本季终）
